环保地源热泵在运行过程中出现些许故障是在所难免的，只要没有电源故障，室内侧泵的工作，加热管道的水一直处于流动状态，不会使室内风机盘管或温暖冻结，室外埋地系统不会冷冻，环保地源热泵主机厂商如果是一家负责任的公司，将在两小时内赶到现场处理。 小型配件可以在那时更换，一个小故障可以解决，如压缩机等主要部件的故障概率等于0（主机停止运行，板式换热器由制冷压缩机压缩机造成的故障 ，这种情况较多）。

设备的使用故障一直是困恼众多专业人士的难题，这些问题不仅反映出设备的不足，同时还能影响设备的价值。通过以上对地源热泵常见故障的分析中，我们可以发现，地源热泵使用故障不仅受到自身先天不足的影响，甚至整个国民经济都有关系，也许这些问题会随着科技的进步得到改善。

目前地源热泵的技术存在的最大不足是“土壤热不平衡”的问题。南方地区以供冷为主，常年向地下注入热量；而北方地区冬季供暖需求大，从土壤中大量吸热，长年运行后将导致土壤温度失衡，影响周围生态。夏热冬冷地区的夏季供冷量往往大于冬季供热量，多出的热量可通过冷却塔散去，也可通过余热回收系统，用于供应生活热水，从一定程度上缓解土壤热不平衡的问题。

地源热泵应用会受到不同地区、不同用户及国家能源政策、燃料价格的影响；一次性投资及运行费用会随着用户的不同而有所不同；采用地下水的利用方式，会受到当地地下水资源的制约；打井埋管受场地限制比较大，必须有足够的面积用于打井和埋管；设计及运行中对全年冷热平衡有较大要求，要做到夏季往地下排放的热量与冬季从地下取用的热量大体平衡。